Licenciado en Biología por la Universidad Autónoma de Madrid en 1982, se doctoró cinco años más tarde en la Universidad McGill de Canadá. Ha dedicado su carrera a la investigación de los ecosistemas acuáticos, marinos y de agua dulce, el funcionamiento de los océanos a nivel planetario, así como en lagos, embalses, ríos, arroyos, humedales y estuarios en colaboración con instituciones internacionales como la ONU, la FAO y el Banco Mundial. Ha sido profesor adjunto en el Instituto de Ciencias del Mar en Barcelona, en el Centro de Estudios Avanzados de Blanes y ha trabajado como profesor de investigación en el Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados (IMEDEA), todos ellos dependientes del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

Dirigió la primera expedición española al Océano Ártico y también la Expedición Malaspina (2010-2011) a bordo del Hespérides (A-33). En 2014 trabajó para el Instituto de los Océanos de la Universidad de Australia Occidental para investigar los arrecifes de coral.​ Abandonó el CSIC para trabajar en un proyecto en el Mar Rojo de la Universidad de Ciencia y Tecnología Rey Abdalá de Arabia Saudita.Ha publicado más de 400 artículos científicos, varios libros y capítulos de libros. Entre 2008 y 2010 fue presidente de la Asociación Americana de Limnología y Oceanografía.

Ha recibido el Premio Nacional de Investigación Alejandro Malaspina de 2007,​ el Premio Rey Jaime I de Investigación en Protección de la Naturaleza de 2009,​ el Premio Ramon Margalef de Ecología en 2019 y el Premio Fundación BBVA Fronteras del Conocimiento en el área de Ecología y Biología de la Conservación en 2020.​ En 2010 fue nombrado doctor honoris causa por la Universidad de Quebec en Montreal​ y posteriormente por la Universidad de Utrecht.

Doctor en oceanografía, buceador profesional, fundador de la asociación Longitude 181, fue director de investigación del programa Deep Ocean Odyssey, jefe de expedición y antiguo consejero científico del Comandante Cousteau.

Ha participado en una veintena de expediciones a bordo del Calypso. Fue responsable del departamento "Recursos Pesqueros" en WWF Francia y estuvo en el origen, junto con Laurent Debas, del concepto de UEGC, Unidades de Explotación y Gestión Concertadas, para una gestión sostenible de los recursos pesqueros por parte de los pescadores.

También es cofundador junto con su esposa Véronique y Vincent Ohl de la asociación Longitude 181, cuyo objetivo es la protección del medio marino y el reparto equitativo de sus recursos, apoyándose en la Carta Internacional del Buceador Responsable.

Buceador, consejero científico y coguionista de la película Océanos dirigida por Jacques Perrin y Jacques Cluzaud.Es consejero científico y coautor de la serie de 4 documentales de 52 minutos El pueblo de los Océanos (dirigida por Jacques Perrin y J. Cluzaud). Codirector de: Cachalote, una historia de familia (Titans of the sea, a Family affair), distinguido con el Jackson Wild Media Award 2022, categoría Animal Behavior long form.

Su obra "El retorno de Moby Dick, o lo que los cachalotes nos enseñan sobre los océanos y los hombres", recibió el premio Jacques Lacroix de Literatura y Filosofía de la Academia Francesa en 2018. Última obra (2022): "En nombre de los Tiburones", que recibió el premio literario "ensayo" 30 Millions d'Amis.

Propone un programa de conferencias con el fin de sensibilizar a cada uno sobre la importancia de dejar un lugar a la vida salvaje, indispensable para el desarrollo de la Humanidad.

Con experiencia en finanzas, economía y gestión de la conservación de la biodiversidad, especialmente para ecosistemas marinos, John Joaquín Bohorquez, ha centrado su investigación reciente en varios países de América Latina y el Caribe, China y el noreste de Estados Unidos, colaborando con universidades, las Naciones Unidas, ONG y el sector privado.

Obtuvo su doctorado en Ciencias Marinas en la Universidad Stony Brook, donde también completó un postdoctorado y actualmente se desempeña como investigador asociado en la Escuela de Ciencias Marinas y Atmosféricas. Previamente obtuvo su licenciatura en el Bowdoin College (Maine) con especialización en Economía y Estudios Ambientales.

Actualmente es consultor experto para el programa Marine 30x30 Finance de la Fundación Minderoo, que trabaja en asociación con Blue Nature Alliance para implementar financiamiento a nivel de sistemas para redes de áreas marinas protegidas. También es especialista técnico de la Conservation Finance Alliance (CFA).

Su enfoque principal es la economía y financiamiento de las áreas marinas protegidas (AMP), donde ha realizado una serie de estudios de caso para su disertación doctoral. Sus trabajos más notables incluyen el financiamiento de áreas marinas protegidas en América Latina y el Caribe, apoyo técnico para el Fondo Global para Arrecifes de Coral, conservación marina en China y restauración de ecosistemas en Nueva York con el Programa de Restauración de la Bahía Shinnecock. Sirve en comités y paneles asesores de varias organizaciones ambientales incluyendo la Comisión Mundial de Áreas Protegidas de la UICN (WCPA), la NOAA, la revista The Economist y The Explorers Club.